西京福寿寺沙门如理集
【疏】机有三品不同者，意说不定性人，归佛、法、僧，智解浅深，三时悟异，名曰三机，非定别有三人名三机也。何以故？以唯对不定性立三时故，即如憍陈如等，从如等从始至终具三根也。故云机有三品不同，教亦三时有异。
【疏】无明所盲至迷执有我。意云，无明是能盲，异生是所盲。无明者，即通取一切无明，不唯取发业者起，造恶业者。起即起惑，造即造业也。
【疏】仙人鹿苑者，上古有仙，多于此处修仙道故。念佛三昧经第四云：于古仙住处。又大集经第二云：于仙人住处而转法轮。又彼经云：彼处常饶寂静仙人故。
【疏】阿笈摩者，若大、小乘经，皆得名阿笈摩。阿笈摩是梵语，此云传，皆是上代诸佛展传来，故云传也。然小乘人结集时，即取佛一代所设言教，言阿笈摩，即四阿含经是也。若四阿含经所不摄者，即名零落经，亦名解脱经。如下云解脱经中亦密意说有阿赖耶识，即指此零落经也。问：若一切经得名阿笈摩者，何故小乘人结集，即取佛一代所设教，名阿笈摩；大乘中结集，一切经中即不名阿笈摩？答：大乘中亦说，所以法华中有阿含甚深是。今者且据佛初成道，说四谛教，约所增胜，故小乘教偏得名传。
【疏】令小根等至解深密等者。意云：谓有情根，有三品不同，所以说教，亦初中后三时有异。问：且如说教，三时易知，根性三差别，如何辨释？答：闻阿笈摩，即名小根，既闻小教，亦证小果，故云渐登圣位也。后时如来，观此小乘根，有堪闻皆空教，所以于鹫岭说般若等经，闻经已，即名中根。若如是者，云何言闻般若等，令中根皆舍小趣大耶？答：如来说经，意欲令此中根，舍小果而趣大乘，所以彼闻经已，弃有心，计空为是。何以故？以如来密意，说一切法空故，名舍小归大。答：未闻般若名小根，已般若名中根，即中根对小名大也。为闻般若教故，即从小至中，名舍小归大。
【疏】便拨二谛，性、相皆空者。二谛，即真、俗二谛也。性、相者，有两解：一、三性者，唯胜义谛；相者，即依他起。拨此二种总无，名为空也。二云：性、相通于二谛。且真、胜义中性、相者，一真法界即是性，分为六种无为、九种无为等，即名相，有多无为相状故。若依俗谛性、相者，如依他法体即名性，如意识以了别为性，色以质碍为性。余者准知。诸法各各有如是相㒵。
【疏】由斯二圣互执有者。问：唯望不定性立有三时，何有二圣互执空有？答：岂言不定？唯一人人，既有多悟，亦前后名，以所证为是，互执何失？又纵一人执前后别，对执不同，亦得称互。
【疏】迷谬竞兴者。问：何言迷谬者？答：有二解：一云：小根执法实有，不了法空，名迷也；于其法空，全不解故。谬者，此中根人，既闻般若经，总拨为空，以为上理，名谬也；以邪解故。二云：执有、执空，皆有迷谬。且如执有，有迷谬者，以迷于有，不了法空，名迷；全不解法空故，妄执法实有，名谬；以邪解故。然执空亦有迷谬者，迷法空故，于中道理全不解故，名迷；暗计此空为是，名谬；以邪解故。通二种，义亦无违。
【疏】如来为除此空、有执者。问：说唯除空执，何故兼说有耶？答：如来所说，群圣既多执空，类应非一，说除空、有，于义何妨？又云：约一人先起有执，后起空执。今通前说，故云除空、有执，义亦无违。意就中道第三时教，说除空、有之言也。故知第三时教，名了义大乘。
【疏】解深密经说唯识者，按彼经第一云：广八慧，应知于六趣生死彼彼有情，随彼彼有情众中，或在四生身分生起，于中最初一切种子心识成就。广慧，此识名阿陀那，亦名阿赖耶，亦名为心。为依止故，六识身转，如依瀑水而有浪生，依净明镜有影像起。
【疏】遣执皆空者，意云：心外法无，破初有执；非无内识，破后空执。既闻唯识之言，迷其空执皆尽，故云遣执皆空。遣者，尽也。
【疏】悟证有方者，意云：方者，方法也。既离二执，处于中道，即是悟证真如之法也。
【疏】于俗谛中妙能留舍者，意云：依四重世俗谛说，一一谛中皆为留舍。第一、有名无实谛，谓瓶、衣等，既无实体，但可言舍，有作用故须留。第二、随事差别谛，约蕴、处、界辨，然蕴、处、界通有漏、无漏，有漏法舍，无漏法留。第三、约方便安立谛辨，苦、集是有漏法舍，灭、道是无漏法留。第四、约假名非安立谛辨，执二空门者法舍，二空门之理法留，故云妙能留舍。又解云：不谓约四重俗谛说，但总约俗谛中说，依佗法留，遍计法能舍；于依他中，染者能舍，净法者能留。
【疏】又今此论至中道之教也者，意云：此论既免明唯识，唯识是第三时教者，以何为证？答：如此引教，即为证也。如来出现功德庄严经者，即如所引颂云如来无垢识等是，至文当说。问曰：如何名分别瑜伽论？答：瑜伽是梵语，此云相应，即是相应观照之义。分别者，解释也，即解释观照相应之义，故名分别瑜伽论也。又如亦品难杂，更引起尽多界解脱经等，但为证傍义引成，非正证唯识道理，故此不说。言了相大乘者，即显现说故，名为了相；若密意说，名不了相。
【疏】此约机理渐教法门以辨三时者。问：约机可尔，如何约理以辨三时？答：据实理无三时，今约证有浅深，故理分三时异。
【疏】年月前后者，但约三时说教前后，名年月前后也，更无别义。
【疏】解深密经说唯识是也。意云：此即是第三时教。然深密经中亦广有三时教，如胜义生菩萨问曰：如世尊先说有教，是为希有；第二说有法空教，亦方世尊重；今此时中说不空不有教，更方奇特等，广如彼说。
【疏】即华严中说唯心至最第一说者，佛初成道第二七日，即说华严经一心之教。按彼经第十九颂云：譬如工